Dans les années 80, l'Union Soviétique et les Etats-Unis signent le Traité de réduction des armes stratégiques START 2. Parmi les missiles visés par cet accord, on retrouve le SS-18, l'un des plus puissants missiles intercontinentaux.
En mai 1997, l'agence spatiale russe Roskosmos et l'agence spatiale ukrainienne NSAU mettent en place l'International Space Company Kosmotras chargée de reconvertir les missiles SS-18 en lanceur spatial et les mettre à disposition pour la mise sur orbite de petits satellites. La création de la compagnie fait suite à une décision prise par les présidents russe et ukrainien qui souhaitent voir le projet devenir prioritaire sur le long terme. Le gouvernement russe et le Cabinet de ministres de l'Ukraine ont publié les décrets qui vont dans ce sens et qui définissent la portée du travail relatif à la fusée Dnepr.
Le Dnepr est lancé depuis un silo et peut l'être depuis le cosmodrome de Baïkonour au Kazakhstan ou celui de Dombarovsky, situé près de Iasny en Russie.
En 2015, et après une année de relations tendues à la suite d'une intervention militaire russe en Ukraine, la Russie a annoncé qu'elle mettait fin à sa collaboration au projet. Toutefois, un dernier contrat a pu être honoré quelques semaines plus tard. Aujourd'hui, le carnet de commandes de Kosmotras est vide et il n'est pas certain que la société soit encore opérationnelle.
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