Le champ magnétique de Jupiter est produit par les mouvements internes de la planète et plus particulièrement son noyau externe constitué d'hydrogène métallique. Ce champ magnétique est dipolaire et incliné de 10°. Il a la particularité d'avoir une polarité inverse. Le pôle sud magnétique est proche du pôle nord géographique. La magnétosphère s'étend sur plus de sept millions de kilomètres en direction du Soleil, et quasiment jusqu'à l'orbite de Saturne dans la direction opposée.
Les éruptions volcaniques de Io éjectent de grandes quantités de dioxyde de soufre qui sont dissociées en atomes et ionisées (Energetic Neutral Atoms) par le rayonnement ultraviolet du Soleil et forment un tore calqué sur l'orbite de la lune. Le champ magnétique de Jupiter force le tore à tourner avec la même vitesse angulaire et dans la même direction que la planète. Les électrons, pris dans les lignes de force sont entraînés hors du tore pour plonger à grande vitesse dans l'atmosphère de Jupiter, créant des aurores. Selon les données collectées par la sonde Cassini, Europa créerait également son propre tore. Les particules de glace seraient projetées dans l'espace par les micro-impacts quotidiens.
Sources