Apollo 9 est la troisième mission du programme avec équipage. L'objectif principal était de tester les systèmes du module lunaire, y compris son fonctionnement indépendant et valider les manoeuvres de rendez-vous et d'amarrage avec le module de commande. Le but était de simuler les manoeuvres qui seraient effectuées lors de véritables missions lunaires.
Au cours de la mission, Schweickart a effectué une sortie extravéhiculaire de 38 minutes à partir du module lunaire pour tester l'équipement de survie portable pour l'astronaute et l'unité de mobilité extravéhiculaire. Pendant ce temps, Scott a également effectué une sortie extravéhiculaire depuis l'écoutille latérale du module de commande.
La mission Apollo 9 s'est déroulée avec succès, tous les systèmes des vaisseaux spatiaux ont fonctionné de manière adéquate et tous les objectifs principaux ont été atteints.